Dem Direktorium obliegt die wissenschaftliche Leitung des Instituts. Aktuell umfasst das Direktorium acht Mitglieder, darunter den Geschäftsführenden Direktor des Instituts, Prof. Dr. Jörg Philipp Terhechte. Das Direktorium wird bei der Erfüllung seiner Aufgaben durch den Forschungsdirektor, Dr. Andreas Grimmel, unterstützt. Die Direktoren werden auf Vorschlag des Stiftungsvorstands vom Kuratorium des Europa-Kollegs Hamburg im Benehmen mit dem Präsidenten der Universität Hamburg berufen.