Dem Direktorium obliegt die wissenschaftliche Leitung des Instituts. Aktuell umfasst das Direktorium acht Mitglieder, darunter den Geschäftsführenden Direktor des Instituts, Prof. Dr. Markus Kotzur. Das Direktorium wird bei der Erfüllung seiner Aufgaben durch den Forschungsdirektor, Dr. Konrad Lammers, unterstützt. Die Direktoren werden auf Vorschlag des Stiftungsvorstands vom Kuratorium des Europa-Kollegs Hamburg im Benehmen mit dem Präsidenten der Universität Hamburg berufen.