Die wissenschaftlichen Aktivitäten des Europa-Kollegs finden im Institute for European Integration statt. Das Institut existiert seit 1978. Es ist eine wissenschaftliche Einrichtung an der Universität Hamburg und genießt die verfassungsmäßige Freiheit von Forschung und Lehre.
Das Institut hat die Aufgabe, fächerübergreifende Forschung im Bereich der Europäischen Integration sowie der Integration in anderen Regionen der Welt allein oder zusammen mit anderen wissenschaftlichen Einrichtungen anzuregen und durchzuführen. Ausländische Forscher und Forscherinnen sind eingeladen, ihre Projekte im Rahmen eines Gastaufenthaltes am Institut zu bearbeiten. Außer Forschungsprojekten werden wissenschaftliche Tagungen und Vortragsveranstaltungen durchgeführt. Das Institut hat zusammen mit der Universität Hamburg die wissenschaftliche Verantwortung für die Entwicklung und Durchführung der Lehre, insbesondere im Masterprogramm European and European Legal Studies.
Die wissenschaftlichen Aktivitäten des Instituts finden in zahlreichen Publikationen ihren Niederschlag. Zudem äußern sich Institutsmitglieder in einschlägigen Medien mit Kommentaren zu Fragen der europäischen Integration.
Das Institut verfügt über eine Fachbibliothek, über einen Lesesaal sowie über attraktive Arbeitsräume für Wissenschaftler.